Храм Межъепархиального центра подготовки церковных специалистов Якутской епархии посвящен ее небесному покровителю — святителю Иннокентию, митрополиту Московскому и Коломенскому, просветителю Сибири и Америки.
Храм условно разделяет здание Центра на две половины. Над храмом возвышается трехъярусная колокольня со шпилем.
Ежедневно учащиеся Центра приходят сюда для совершение утренних молитв и молитв на сон грядущим.
Освящен храм 13 октября 2011 года епископом (ныне — архиепископом) Якутским и Ленским Романом.
Свято-Иннокентиевский храм является домовым храмом для Межъепархиального центра подготовки церковных специалистов Якутской епархии и Классической гимназии имени Иннокентия Московского города Якутска. Поэтому богослужения здесь проходят с учетом образовательного процесса этих учебных заведений.
Совершают богослужения преподаватели в священном сане, при деятельном участии учащихся в Центре и Гимназии, которые исполняют послушания пономарей и певчих.
