Органы управления образовательной организации:
- Учредитель: Централизованная религиозная организация Якутская Епархия Русской Православной Церкви (Московский Патриархат) в лице архиепископа Якутского и Ленского Романа (Лукина Алексея Александровича);
- Директор Центра: архиепископ Якутский и Ленский Роман (Лукин Алексей Александрович);
- Общее собрание работников и обучающихся Центра — коллегиальный орган;
- Педагогический совет — коллегиальный орган;
- Руководящий орган Учредителя — Священный Синод во главе с Патриархом Московским и всея Руси.
Иные структурные подразделения:
- Заместитель директора по учебно-воспитательной работе: иерей Виталий Беликов
- Заместитель директора по хозяйственной части: Лукин Александр Александрович
- Учебно-методический отдел: руководитель иеромонах Тихон (Воробьев)
- Канцелярия: заведующий канцелярией Корнильцев Алексей Николаевич
- Библиотека: заведующий библиотекой иеродиакон Алексий (Строев)